pup_save.2fs储存太慢，怎么办？

大家好，我以前未用过linux，但慕名已久，早想尝试一下。由于硬盘不足，近期也不打算买移动硬盘，所以选择在U盘上装puppy。
目前遇到的问题是：退出系统的时候储存pup_save.2fs需要花很多的时间。不知道有什么解决办法吗？现在还是裸机，以后尚准备安装gcc,latex,scilab等软件，关机速度应该还会慢很多吧。可否在U盘上分出/, /home, /usr, /var, /tmp, swap等分区，山寨一个类似其他linux的分区方案。然后将软件用gz包安装，能识别的到这些分区吗？不太理解save.2fs这种关机时需要做大量存盘工作的设计思想。
个人是noob，可能说的很可笑，麻烦大家帮我解惑。谢谢！